Organizační struktura FAÚ k 1. 1. 2017
V čele Finančního analytického úřadu stojí ředitel úřadu. Jednotlivé agendy a ostatní činnosti jsou zajišťovány dvěma odbory - Právní, jenž je dále členěn na dvě oddělení Mezinárodní a právní a oddělení Kontrolní, druhý odbor - Analytický se dle specializace dělí na oddělení Analýza I a Analýza II. Pracovní podmínky pro plnění úkolů ředitele úřadu, personální, ekonomické a technické zabezpečení provozu úřadu zajišťuje samostatné oddělení Kancelář ředitele.